Kort overzicht van de geschiedenis van het gebouw
De Kapel van het Heilige Geestzusterhuis, in de volksmond Heilige Geestkapel genoemd, is omstreeks 1400 gebouwd op fundamenten van oudere datum. Het Heilige Geestzusterhuis stond ernaast, waar nu het Meisjeshuis staat. Het Heilige Geestzusterhuis was een stadsinstelling, waarin alleenstaande niet bemiddelde vrouwen konden intreden. Alhoewel ze geen kloosterlingen waren en onder een burgerlijk bestuur vielen, leiden ze onder een Pater en een Mater een zeer godsdienstig leven. In 1412 is de kapel in gebruik genomen en werd door de bisschop een kapelaan benoemd.
Bij de grote stadsbrand van 1536 werd ook de kapel door het vuur getroffen. Alleen de muren en de toren stonden nog overeind. De kapel werd snel weer opgebouwd. Het dak was met leien bedekt en de westgevel had een klein zeskantig torentje van witte steen. In de buitenmuur op de hoek van Oude Delft en Nieuwstraat was een nis met een beeld, waarboven een lantaarn hing. De kapel was aan Maria gewijd en het beeld stelde waarschijnlijk ook Maria voor.
Bij de reformatie in 1572 moest de kapel ontruimd worden, de klok werd uit de toren gehaald en het kruis op de toren werd vervangen door een windwijzer. In 1581 kocht het stadsbestuur de kapel om te gaan gebruiken als Ammunitiemagazijn en werden er wapenuitrustingen, kurassen, zwaarden, geweren en werktuigen opgeslagen. In 1623 werd de kapel verbouwd om het beter als pakhuis te kunnen gebruiken: twee extra vloeren, gewoon glas in de ramen, dakkapellen en een luik in de voorgevel. Aan de waterkant kwam een hijskraan om de schepen te kunnen laden en lossen, zoals op de gravure is te zien. In 1630 kreeg de Raad van State het in gebruik.
Het protestantse Meisjesweeshuis, dat in 1578 in het Heilige Geestzusterhuis was gekomen, gebruikte een deel van de kapel als vergaderruimte en slachtplaats. In de Franse tijd werd de wapenopslagplaats door de Fransen in bezit genomen. In de negentiende eeuw hebben Meisjeshuis, particulieren en anderen gebruik gemaakt van de kapel. In de twintigste eeuw hebben de Technische Hogeschool en de firma Bender de kapel nog als magazijn voor respectievelijk boeken en glas- en aardewerk gebruikt.
In de periode, dat de kapel gebruikt werd als pakhuis, is er niet veel aan onderhoud gedaan. De redding is geweest, dat de Technische Hogeschool op zoek was naar een aula in 1923. Zij hebben de kapel ingrijpend gerestaureerd. De hoge spitsramen werden hersteld, de noordgevel werd opnieuw met de oorspronkelijke Rijswijkse steen opgemetseld, het dak werd met blauwe pannen bedekt en binnen verdwenen de balklagen en vloeren van het pakhuis en werd het houten tongewelf hersteld en beschilderd door Jacob Por. De kapelvloer werd omhoog gebracht, waardoor eronder een kelder, keuken, curatorenkamer, kleedkamer en heteluchtverwarming gemaakt kon worden. Toen de Technische Hogeschool in 1966 een grotere aula in gebruik nam, werd de kapel verhuurd aan de Vrijzinnig Protestantse Gemeente.
De Sint Hippolytuskerk aan de Voorstraat werd in 1972 gesloten. Een deel van de parochianen heeft zich verenigd en de kapel gehuurd. Zij hebben de kapel weer ingericht voor de Rooms Katholieke eredienst en de Kapel van het Heilige Geestzusterhuis werd op 30 juli 1972 na vier eeuwen weer als kerk in gebruik genomen met de naam Sint Hippolytuskapel.
Restauratie
In 2002 is begonnen aan een ingrijpende restauratie. Het pannendak werd verwijderd en het eeuwenoude leiendak werd hersteld en opnieuw van leien voorzien. De restauratie heeft twee jaar geduurd.
De historische vereniging Delfia Batavorum heeft voor deze verfraaiing de Adolf le Comteprijs toegekend aan de kapel.